Το σχολείο ιδρύθηκε με την υπ’ αρ. απ. Γ/4761/30-8-1980 ως Πειραματικό Γυμνάσιο. Στις 25-10-2011 κατατάχθηκε στα Πρότυπα Πειραματικά Σχολεία ύστερα από αξιολόγηση. Με τον Ν. 4692/2020 λειτουργεί ως Πρότυπο Γυμνάσιο.
Το Πρότυπο Γυμνάσιο Ηρακλείου στοχεύει στην καλλιέργεια και τη διάχυση της ιδέας και των πρακτικών τής αριστείας στο εκπαιδευτικό σύστημα. Αναλυτικότερα: α) Αναπτύσσει δράσεις καινοτομίας προσανατολισμένες στην αυτοβελτίωση των μαθητών/τριών και την εκπαιδευτική αριστεία, β) αναδεικνύει και ενθαρρύνει μαθητές/τριες με ταλέντα και ιδιαίτερες μαθησιακές δυνατότητες, γ) εφαρμόζει πιλοτικά προγράμματα σπουδών, μεθόδους διδασκαλίας, καινοτόμες διδακτικές πρακτικές, και αξιοποιεί νέο εκπαιδευτικό υλικό, έντυπο και ψηφιακό, και νέα διδακτικά εργαλεία, δ) συμμετέχει σε ερευνητικά προγράμματα και προάγει την έρευνα στη διδασκαλία των επιμέρους γνωστικών αντικειμένων, καθώς και στον ψυχοπαιδαγωγικό τομέα, σε συνεργασία με τμήματα και σχολές Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (Α.Ε.Ι.) και το Ι.Ε.Π. ε) έχει ομίλους αριστείας, δημιουργικότητας και καινοτομίας, στους οποίους μπορούν να συμμετέχουν μαθητές/τριες και από άλλα σχολεία τής δημόσιας εκπαίδευσης, στ) υποδέχεται προπτυχιακές/ούς και μεταπτυχιακές/ούς φοιτήτριες/τές για πρακτική άσκηση και την εξοικείωσή τους με ένα περιβάλλον υψηλών διδακτικών απαιτήσεων, σε συνεργασία με τμήματα και σχολές Α.Ε.Ι., ζ) δημιουργεί ένα γόνιμο περιβάλλον για έρευνα και συνεργάζεται με υποψήφιες/ους διδάκτορες στο πλαίσιο εκπόνησης διδακτορικών διατριβών σε αντικείμενα σχετικά με τις επιστήμες τής εκπαίδευσης, η) αναπτύσσει επιμορφωτικές δράσεις των εκπαιδευτικών σε συνεργασία με εκπαιδευτικούς άλλων σχολικών μονάδων, με στόχο τη διάχυση πρακτικών εκπαιδευτικής αριστείας, θ) διοργανώνει σεμινάρια και ημερίδες ι) συνεργάζεται με Α.Ε.Ι. της ημεδαπής και της αλλοδαπής, ερευνητικούς φορείς και κοινωφελή ιδρύματα και ια) συμμετέχει στην πιλοτική εφαρμογή προγραμμάτων αξιολόγησης της ποιότητας του εκπαιδευτικού έργου και της υλικοτεχνικής υποδομής των σχολικών μονάδων.
Το Πρότυπο Γυμνάσιο αποτελείται από δέκα τμήματα, με 24 μαθήτριες/τές το καθένα από αυτά. Οι μαθητές/τριες εισάγονται μέσω πανελλαδικών εξετάσεων στη Νεοελληνική Γλώσσα και τα Μαθηματικά, και προέρχονται από διάφορα κοινωνικοοικονομικά, μορφωτικά και οικογενειακά περιβάλλοντα.